Otepää Muusikakooli õpe toimub kolmel tasandil:

Põhiõpe – õpilane omandab 7 aasta jooksul muusikaalase põhihariduse, kuhu kuuluvad eriala- ja üldteoreetilised ained. Põhihariduse omandamise järel saab õpilane asuda õppima muusikalist keskharidust andvatesse õppeasutustesse (H. Elleri nim. Tartu Muusikakool, G. Otsa nim. Tallinna Muusikakool, Tallinna Muusikakeskkool).

Üldõpe – õpilased peavad 7 aasta vältel omandama oskusi veidi vähemal määral, kui põhiõppes. Programmis on ka üldteoreetilised ained. Üldõppe õppekava õpilane saab hea edasijõudmise korral astuda ka põhiõppesse.

Täiskasvanuõpe – saab õppida oma valitud muusikainstrumenti ja ei pea osalema üldteoreetilistes ainetes.